宏病毒组
1 技术简介
病毒宏基因组测序又称宏病毒组（Virome），是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定环境中所有的病毒组成，是一种发现新病毒、 病毒感染预警和控制的有力手段，在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。
2 实验流程
3 样本准备
| 样本类型 | 土壤/污泥 | 粪便 | 血液 |
| 样本要求 | 1-5g | 1-5g | ≥2ml |
4 生信分析流程
5 分析内容
| 序号 | 分析项目 | |
| 1 | 数据质控及基因集构建 | 测序原始数据的预处理和质控 |
| 2 | 高质量序列的筛查过滤 | |
| 3 | 基于reads的物种多样性分析 | 基于reads物种注释统计 |
| 4 | 基于reads物种分布圈图 | |
| 5 | 基于reads物种丰度柱状图 | |
| 6 | 基于reads物种丰度聚类热图 | |
| 7 | 基于reads物种注释的Alpha多样性分 | |
| 8 | 基于reads物种注释的Beta多样性分析 | |
| 9 | 基于reads物种差异分析 | |
| 10 | 病毒的鉴定与物种注释 | 基因预测与去冗余 |
| 11 | 基因功能注释 | |
| 12 | 基于contig的物种多样性分析 | 基于contig物种丰度柱状图 |
| 13 | 基于contig物种丰度聚类热图 | |
| 14 | 基于contig物种注释的Alpha多样性分析 | |
| 15 | 基于contig物种注释的Beta多样性分析 | |
| 16 | 基于contig物种差异分析 | |
| 17 | 基因功能差异分析 | KEGG数据库注释比较分析 |
| 18 | GO数据库注释比较分析 | |
| 19 | CAZY数据库注释比较分析 | |
| 20 | 相关性与关联分析 | 相关性网络分析 |
| 21 | RAD/CCA分析 | |
| 22 | 相关性热图分析 | |