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宏病毒组

宏病毒组

1 技术简介 

病毒宏基因组测序又称宏病毒组(Virome),是在宏基因组学理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象,能够快速准确的鉴定环境中所有的病毒组成,是一种发现新病毒、 病毒感染预警和控制的有力手段,在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。

2 实验流程

宏病毒组实验流程-lncRNA.png

3 样本准备


样本类型土壤/污泥粪便血液
样本要求1-5g1-5g≥2ml


4 生信分析流程


宏病毒组分析流程-lncRNA.png


5 分析内容


序号分析项目
1

数据质控及基因集构建

测序原始数据的预处理和质控

2高质量序列的筛查过滤
3基于reads的物种多样性分析

基于reads物种注释统计

4

基于reads物种分布圈图

5

基于reads物种丰度柱状图

6

基于reads物种丰度聚类热图

7

基于reads物种注释的Alpha多样性分

8

基于reads物种注释的Beta多样性分析

9基于reads物种差异分析
10病毒的鉴定与物种注释基因预测与去冗余
11基因功能注释
12

基于contig的物种多样性分析

基于contig物种丰度柱状图
13

基于contig物种丰度聚类热图

14

基于contig物种注释的Alpha多样性分析

15

基于contig物种注释的Beta多样性分析

16

基于contig物种差异分析

17

基因功能差异分析

KEGG数据库注释比较分析

18

GO数据库注释比较分析

19CAZY数据库注释比较分析
20相关性与关联分析

相关性网络分析

21

RAD/CCA分析

22

相关性热图分析




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