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外显子测序

1 技术简介

外显子组(约占基因组的1%)是某物种的基因组中所有外显子区域的总和。外显子组测序是指利用序列捕获技术对全基因组外显子区域的DNA序列进行富集然后再进行高通量测序的方法。该方法能够获得指定外显子捕获平台探针设计区域及侧翼200bp左右的遗传信息,极大的提高了人类基因组中外显子区域的研究效率,显著降低了研究成本。主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合公共数据库提供的外显子数据,有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。
 

2 实验流程


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3 样本准备


DNA样品

组织样品

组织样品保存和运输指南

无蛋白污染;

无RNA/盐离子污染;

样品无色透明不粘稠的DNA;

1.      样品总量≥1μg

2.      样品浓度≥12.5ng/μL

3.      完整性:主峰>20Kb

新鲜培养的细胞:细胞数≥5×106cell

液氮速冻法:离心后液氮速冻,-80°保存,干冰寄送

新鲜动物组织干重 :≥50mg

1.      液氮速冻法:分割成50mg小块后,液氮速冻,放入干净的带螺纹旋盖的保存管中。-80°保存,干冰寄送。

2.      商业核酸保护液保护法:严格按照说明书操作,组织厚度保持在5mm左右,活体组织离体后建议3分钟内液氮速冻。

全血(哺乳动物):≥1 mL

EDTA抗凝管采集。新鲜采集的用移液器转移至2ml的离心管,足量冰袋或者干冰寄送;冷冻血液,干冰寄送。

唾液:≥1mL

商业核酸保护液保护法: 推荐DNA Genotek公司的Oragene.DISCOVER(OGR-500)(For Research)或Oragene.Dx(OGR-500)(For Diagnostics) collecton kit

FFPE :≥ 10 片,未染色,100 mm25 ~ 10μm厚度

要求有核细胞数量80%以上,肿瘤细胞含量70%以上,常温保存寄送。



4 生信分析流程


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5 标准分析(具体项目具体分析,详细请咨询销售)

1)数据质控:去除接头污染和低质量数据

2)与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度

3)SNP/InDel/CNV 检测、注释及统计


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