环境DNA （eDNA, metabarcoding）
1 技术简介
环境DNA(environmental DNA, eDNA)的概念早在20世纪80年代末就已经被提出，最初仅应用于微生物研究领域，它是指从环境样品(如土壤、沉积物、空气、水体等)中提取的DNA，不对任何目标生物进行分离。受该技术在微生物研究方面的启发，科学家们研究发现可以利用环境样品中包含的DNA进行物种鉴定及植食性动物的食性分析等方面的研究。环境样品中通常含有动植物脱落的细胞或者是游离的DNA，生物排泄过程中脱落的皮肤，尿液和粪便等也可以是“环境DNA”的来源，并能提供一个环境系统中物种的存在记录。相比传统的直接采样，该方法成本更低，样本采集受气候条件影响较小，可以进行更大数量的样本收集。环境DNA还可以用来分析那些很难通过传统方法监测的物种。主要的应用领域有物种多样性快速检测、动物食性分析、考古研究、物种入侵防治、濒危物种保护、物种追踪。
常见metabarcoding引物：
动物COI：500 bp
LCO1490: 5’-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG’-3
HCO2198: 5’-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3’
鱼类12s rRNA：370bp
MiFish-U-F: 5'-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3'
MiFish-U-R: 5'-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3'
线虫18sV4 目的片段长度： 570bp
3NDf: 5'-GGC AAG TCT GGT GCC AG-3'
1132rmod: 5'–TCCGTCAATTYCTTTAAGT–3'
植物trnL (UAA) : 500bp
A4932: 5'-CGAAATCGGTAGACGCTACG-3'
B4986: 5'-0GGGGATAGAGGGACTTGAAC-3'
2 实验流程
3 参考文献
1. Taberlet, P., Coissac, E., Pompanon, F., Gielly, L., Miquel, C., Valentini, A., … Willerslev, E. (2007). Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding. Nucleic Acids Research, 35(3), e14–e14. doi:10.1093/nar/gkl938
2. Porazinska D L,Giblin-Davis R M, Faller L,et al.Evaluating high-throughput sequencing as a method for metagenomic analysis of nematode diversity.Mol Ecol Resources,2009,9:1439-1450