动植物基因组重测序
1 技术简介
动植物全基因组重测序是指在一个物种的基因组已知的情况，对该物种的大量样本进行测序。将得到的序列信息和参考基因组比对，得到该物种的全基因组遗传变异多态性进行分析。基于变异位点信息，可在群体水平进行分析和统计。自然群体，可以进行功能基因的定位（GWAS）或对该物种的遗传进化关系做出预测分析，估计生物种类的分化时间等；遗传群体，可以进行BSA测序或者构建遗传图谱，进行QTL定位等。
2 实验流程
3 样品准备
基因组 DNA样品送样建议
|
样品类型 |
总量 |
浓度 |
完整性 |
纯度 |
|
DNA |
≥1 μg |
≥12.5ng/μL |
无降解或轻微降解，主峰＞20Kb |
无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠 |
组织样品判定标准
|
组织类型 |
常规DNA小片段文库 |
PCR free文库 |
|
新鲜培养细胞 (细胞数) |
≥5×106cell |
≥1×107cell |
|
新鲜动物组织干重 |
≥50mg |
≥300mg |
|
新鲜植物组织干重 |
≥200mg |
≥800mg |
|
全血（哺乳动物） |
≥1 mL |
≥2 mL |
|
全血（非哺乳动物） |
≥0.5mL |
≥1mL |
4 生信分析流程
5 主要分析结果展示（部分结果）
1）自然群体分析结果展示
2）遗传群体分析结果展示-BSA
SNP突变类型分析 ED关联分析曼哈顿图
候选区域内基因通路分布图
3）遗传群体分析结果展示-遗传图谱
基因组和遗传图谱共线性分析 单倍体来源分析 连锁标记热图分析