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全基因组甲基化(WGBS)

全基因组甲基化(WGBS)

Chip-Seq ATAC-Seq Hi-C 全基因组甲基化(WGBS)

全基因组甲基化(WGBS)

1 技术简介
全基因组重亚硫酸盐测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是基于重亚硫酸盐处理的甲基化分析方法,首先通过重亚硫酸盐对样本DNA进行处理,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基不会改变,进行PCR扩增后U碱基会变成T,与原本甲基化的C碱基区分开,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。技术优势有:可精确分析每一个C碱基的甲基化状态;可在全基因组水平上最大限度的获取完整的甲基化信息,精确绘制全基因组甲基化图谱;适用于所有具有参考基因组的物种,性价比高,相对于传统BSP或MSP方法费用少。
 
2 实验流程





3 生信分析流程








4 主要分析内容(部分)


DNA甲基化富集峰区域的在基因中的分布



差异DNA甲基化区的GO(Gene Ontology)与信号通路分析

差异甲基化基因的聚类分析

5 参考文献
[1]Auclair G, Guibert S, Bender A, etal. Ontogeny of CpG island methylation and specificity of DNMT3methyltransferases during embryonic development in the mouse[J]. Genomebiology, 2014, 15(12): 545.
[2]Heller G, Topakian T, Altenberger C,et al. Next-generation sequencing identifies major DNA methylation changesduring progression of Ph+ chronic myeloid leukemia[J]. Leukemia, 2016,30(9):1861-1868.
[3]Yan H, Bombarely A, Xu B, et al. siRNAsregulate DNA methylation and interfere with gene and lncRNA expression in theheterozygous polyploid switchgrass[J]. Biotechnology for Biofuels, 2018, 11(1):208.



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