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功能基因测序

功能基因测序

1 技术简介       

借助合适的类群特异性引物,可以检测菌群中特定种类/功能微生物的特征序列。通常我们做微生物分类测序项目使用的都是诸如16s/18s/ITS rRNA的可变区,经过通用引物扩增,比对RDP/silva/greengene等数据库。这样固然可以了解环境内各类菌群的组成情况,但是却不方便定向分析某些有特定功能的细菌菌群信息。比如了解环境内含有固氮、氨氧化、硝化/反硝化等功能基因的菌群分布情况。 随着测序技术的发展,科学家们也逐步的收录了大量amoA、dsrB、nxrA、nifH等基因序列信息,并集结成数据库。针对上述需求,公司可以提供大量不同的功能基因检测服务。通过整合功能基因及测序接头引物,进行高通量测序,以满足科研用户多样化的研究需求。

部分常见功能基因引物

功能基因引物名称引物序列长度
反硝化细菌nirScd3aF5'-GTSAACGTSAAGGARACSGG-3'400 bp
 
R3cdR5'-GASTTCGGRTGSGTCTTGA-3'
反硝化细菌nirS4F5'-TTCRTCAAGACSCAYCCGAA-3'300 bp
nirS6R5'-CGTTGAACTTRCCGGT-3'
固氮菌nifHnifHF5'-AAAGGYGGWATCGGYAARTCCACCAC-3'450 bp
nifHR5'-TTGTTSGCSGCRTACATSGCCATCAT-3'
固氮菌nifHForF5'-ACCCGCCTGATCCTGCACGCCAAGG-3'300 bp
nifHRevR5'-ACGATGTAGATTTCCTGGGCCTTGTT-3'
亚硝酸盐还原基因nirK1aCuF5'-ATCATGGTSCTGCCGCG-3'450 bp
nirKR3CuR5'-GCCTCGATCAGRTTGTGGTT-3'


2 实验流程


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3 样品准备


样本类型土壤/污泥粪便血液
样本要求1-5g1-5g≥2ml


4 生信分析流程


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5 主要结果展示(部分)


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