功能基因测序
1 技术简介
借助合适的类群特异性引物，可以检测菌群中特定种类/功能微生物的特征序列。通常我们做微生物分类测序项目使用的都是诸如16s/18s/ITS rRNA的可变区，经过通用引物扩增，比对RDP/silva/greengene等数据库。这样固然可以了解环境内各类菌群的组成情况，但是却不方便定向分析某些有特定功能的细菌菌群信息。比如了解环境内含有固氮、氨氧化、硝化/反硝化等功能基因的菌群分布情况。 随着测序技术的发展，科学家们也逐步的收录了大量amoA、dsrB、nxrA、nifH等基因序列信息，并集结成数据库。针对上述需求，公司可以提供大量不同的功能基因检测服务。通过整合功能基因及测序接头引物，进行高通量测序，以满足科研用户多样化的研究需求。
部分常见功能基因引物
| 功能基因 | 引物名称 | 引物序列 | 长度 |
| 反硝化细菌nirS | cd3aF | 5'-GTSAACGTSAAGGARACSGG-3' | 400 bp |
| R3cdR | 5'-GASTTCGGRTGSGTCTTGA-3' | ||
| 反硝化细菌 | nirS4F | 5'-TTCRTCAAGACSCAYCCGAA-3' | 300 bp |
| nirS6R | 5'-CGTTGAACTTRCCGGT-3' | ||
| 固氮菌nifH | nifHF | 5'-AAAGGYGGWATCGGYAARTCCACCAC-3' | 450 bp |
| nifHR | 5'-TTGTTSGCSGCRTACATSGCCATCAT-3' | ||
| 固氮菌 | nifHForF | 5'-ACCCGCCTGATCCTGCACGCCAAGG-3' | 300 bp |
| nifHRevR | 5'-ACGATGTAGATTTCCTGGGCCTTGTT-3' | ||
| 亚硝酸盐还原基因 | nirK1aCuF | 5'-ATCATGGTSCTGCCGCG-3' | 450 bp |
| nirKR3CuR | 5'-GCCTCGATCAGRTTGTGGTT-3' |
2 实验流程
3 样品准备
| 样本类型 | 土壤/污泥 | 粪便 | 血液 |
| 样本要求 | 1-5g | 1-5g | ≥2ml |
4 生信分析流程
5 主要结果展示（部分）
