Chip-Seq
1 技术简介
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中 DNA 相互作用的经典方法，将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段，研究体内转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法，对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决思路。
2 实验流程
3 样本准备
| 样本类型 | 动物组织 | 植物组织 | 细胞/微生物 |
| 样本量 | 个体较小动物如小鼠、雏鸡、斑马鱼等肝脏、心脏、脑等组织：0.5~1g | 株系：3~5g | 10^7个 |
| 根系：5g以上 | |||
| 茎茎：3~5g | |||
| 个体较大动物如猪、牛、羊等肌肉、晚期胚胎等组织：2~3g | 叶片：3~5g | ||
| 果实：5g以上 | |||
| 种子：3~5g | |||
| 昆虫等整只个体：2~3g | 花序、花蕊、花粉：1~2g | ||
| 样本要求 | 速冻样本（液氮） | 冻存时间较短（-80℃） | 无污染 |
| 处理方式 | 取样后直接速冻 | 取样后先交联后速冻 | |
| 运输方式 | 干冰寄送 | ||
4 生信分析流程
5 主要结果展示 （部分）
富集区域（Peaks）在基因组上的分布特征
两个样品中 Peaks 相关基因 Venn 图
各基因区域上的特异基因分布图
Peaks 相关基因的 go 富集分析
参考文献
[1]. Li, H. et al. The sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics , 2078-2079 (2009).
[2]. Zhang, Y. et al. Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biology , 137 (2008).
[3]. Zong, W. et al. Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress. Plant molecular biology , 175–188 (2013).
[4]. Jia, Y. et al. WEGO: a web tool for plotting GO annotations. Nucleic Acids Research , 293–297 (2006).
[5]. Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes. Nucleic acids research , 27-30 (2000).
[6]. Thorvaldsdóttir, H., Robinson, J.T. & Mesirov, J.P. Integrative genomics viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Briefings in bioinformatics ,178-192 (2013).