真菌基因组
1 技术简介
真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明，将为真菌特性的分析提供重要依据。随着高通量测序技术的成熟，基因组测序成本已大大降低，使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能，目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。目前通过Illumina和Pacbio/ONT平台测序并进行de novo基因组组装，即可获得获得真菌的基因组完成图，基于HIC辅助组装，可以得到真菌的基因组精细图，并进行深度生物信息挖掘。
2 实验流程
3 样本准备
| 样本类型 | 总量 | 浓度 | OD | 完整性（胶图） | 纯度 |
| 基因组DNA-Pacbio平台 | 3.5 μg | 80 ng/μl | OD260/280: 1.6-2.2 | 无降解或轻微降解（主峰在40K附近且弥散不低于20Kb） | 无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠 |
| OD260/230: 1.6-2.5 | |||||
| 基因组DNA-Nanopore平台 | 1 μg | 45 ng/μl | OD260/280: 1.8-2.2 | 无降解或轻微降解，基因组主峰在30K附近或以上，且弥散不低于20K | 无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明、不黏稠 |
| OD260/230: 1.8-2.2 |
4 生信分析流程
5 分析结果展示（部分）
碳水化合物酶和木质素降解酶基因拷贝数热图