空间转录组
1 技术简介
10x Genomics Visium空间转录组可将完整组织切片中细胞的基因表达数据与其所在的空间位置信息相结合，在识别不同细胞群的同时保留其原有的空间位置，这有助于理解细胞如肿瘤微环境中细胞功能、表型和位置的关系，其广泛应用于神经科学、发育生物学、肿瘤等多种研究领域。
2 技术流程
3 样品准备
产品名称 | 质控标准 | 样本要求 |
10X空间转录组（冷冻组织） | 切片RNA RIN≥7.0 | 1.动物组织：至少3个包埋块/样本，1份提取 RNA质检； 2.植物组织：8-10个包埋块/样（质检、切片厚度调整、捕获区域确定） 3.长宽不宜超过6.5*6.5mm2，用7*7*5mm3包埋盒包埋皮肤、胰脏、骨类、软骨等组织类型不建议接。 |
10X空间转录组（FFPE） | 切片RNADV200≥50% 组织粘附性高 | 仅适用于人或小鼠。至少需要3份石蜡块，一份作为质控。 |
4 生物信息分析流程
5 主要结果展示（只展示标准分析部分，具体项目具体分析，详细请咨询销售）
标准分析
1. 测序结果统计
2. 数据质控统计
3. 比对结果统计
4. 基因表达定量分析
5. Marker基因鉴定
6. 细胞类型注释
7. 单样本/多样本细胞聚类分析
8. 特异marker基因差异分析
9. 样本间相同cluster基因差异分析
10. cluster差异表达基因GO功能分析
11. cluster差异表达基因Pathway功能分析
12. cluster差异表达基因TF编码能力预测
13. cluster差异表达基因蛋白互作分析
14. cluster基因相关性网络分析
15. 表型和位置关系分析