细菌草图&完成图
1 技术简介
细菌全基因组从头测序（Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ），是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种，构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行测序，然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，从而获得该细菌的基因组序列图谱。细菌全基因组de novo测序已然成为一种探究细菌生物学问题的高性价比方法。通过二代测序，可以得到待测细菌基因组草图（组装完整度及连续性弱于细菌完成图）；通过三代测序测序，可以获知待测菌精细基因组及基因信息，为研究该菌株特有的生物学特征（致病机制，共生机制，独有的代谢机制）提供分子生物学基础；通过比较基因组分析，为研究菌株种内及种间的功能差异、进化关系提供理论指导。
2 实验流程
3 样品准备
短读长测序 | |||||
样本类型 | 总量 | 浓度 | 完整性（胶图） | 纯度 | |
基因组DNA | 1 μg | 12.5 ng/μl | 主峰＞20Kb | 无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠 | |
长读长测序 | |||||
样本类型 | 总量 | 浓度 | OD | 完整性（胶图） | 纯度 |
基因组DNA-Pacbio平台 | 3.5 μg | 80 ng/μl | OD260/280: 1.6-2.2 OD260/230: 1.6-2.5 | 无降解或轻微降解（主峰在40K附近且弥散不低于20Kb） | 无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠 |
基因组DNA-Nanopore平台 | 1 μg | 45 ng/μl | OD260/280: 1.8-2.2 OD260/230: 1.8-2.2 | 无降解或轻微降解，基因组主峰在30K附近或以上，且弥散不低于20K | 无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明、不黏稠 |
4 生信分析流程
5 分析结果展示（部分）
