宏病毒检测
1 技术简介
病毒宏基因组测序又称宏病毒组（Virome），是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定环境中所有的病毒组成，是一种发现新病毒、 病毒感染预警和控制的有力手段，在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。
2 实验流程
3 样本准备
| 样本类型 | 土壤/污泥 | 粪便 | 血液 |
| 样本要求 | 1-5g | 1-5g | ≥2ml |
4 生信分析流程
5 主要分析内容
| 标准分析 | 解决问题 |
| 病毒基因组拼接 | 获得样品中全部病毒的序列。 |
| Taxonomic分析 | 获得序列的物种注释信息。 |
| 病毒序列统计分析 | 对病毒含量进行相对定量。 |
| 双链RNA分析 | RNA病毒在复制过程中形成复制中间体，即会形成dsRNA的结构。因此预测具有编码能力的双链RNA，可以寻找出与NCBI病毒数据库中极低相似性的病毒序列。提取未匹配到任何序列的contig，使用开发软件对这部分contig进行预测，筛选具有编码蛋白的双链RNA contig作为潜在的未知病毒序列。 |
| 双链环状RNA预测 | 类病毒采用滚环复制的方式进行扩繁，也会形成dsRNA的结构。因此预测环状的双链RNA，可以寻找潜在的类病毒。 |